Leipzig betrachtet es als besorgniserregend, dass der Haushaltsentwurf des Freistaates Sachsen für 2013 und 2014 bislang zu wenig Mittel für den Zweckverband für den Nahverkehrsraum Leipzig (ZVNL) vorsieht, aus denen dieser den Schienpersonennahverkehr in Westsachsen und insbesondere die Leistungen des Mitteldeutschen S-Bahn-Netzes finanzieren kann. Derzeit klafft eine Finanzierungslücke von zehn Millionen Euro. Die Stadt Leipzig betrachtet es als vordringlich, dass diese Lücke geschlossen wird, um die volle Finanzierung des Mitteldeutschen S-Bahn-Netzes, also der durch den City-Tunnel verkehrenden Züge, zu sichern.

''Jetzt, wo nun endlich der City-Tunnel fertig gestellt wird, im ersten Jahr nur mit einem Teil der angedachten Züge durch den City-Tunnel zu fahren, kann doch nicht Ziel sächsischer Verkehrspolitik sein. Die beabsichtigte Kürzung widerspricht unserer Meinung nach auch dem von der Landesregierung erklärten Ziel, die ländlichen Regionen zu stützen'', sagt Baubürgermeister Martin zur Nedden. ''Wir hoffen daher, dass die Finanzierungslücke im Jahr 2014 doch noch geschlossen werden kann.''

Schon 2011 sah sich der ZVNL aufgrund der einschneidenden Kürzungen des Freistaats im Doppelhaushalt 2011/2012 gezwungen, unter anderem die Linie S1 Leipzig-Grünau vorübergehend abzubestellen und andere Verkehrsverbindungen auszudünnen bzw. zusammen zu fassen.