Dr. Töpfer absolvierte 1997 bis 2003 ein Studium der Mittleren und Neueren Geschichte und Politikwissenschaft in Leipzig, Basel und Freiburg im Breisgau und war Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Historischen Seminar der Universität Leipzig.
2009 wurde er mit einer epochenübergreifenden Untersuchung zur Sozialgeschichte des städtischen Schulwesens in Sachsen promoviert. Das unter dem Titel "Die Freyheit der Kinder. Territoriale Politik, Schule und Bildungsvermittlung in der vormodernen Stadtgesellschaft. Das Kurfürstentum und Königreich Sachsen 1600-1815" erschienene Buch wurde mit dem Preis der Horst-Springer-Stiftung in der Friedrich-Ebert-Stiftung ausgezeichnet.
Seit 2014 war er in einem vom Thüringer Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur finanzierten Projekt zur Erschließung und öffentlichkeitswirksamen Präsentation der bildungsgeschichtlichen Sammlungen des Schlosses Friedenstein Gotha tätig.
Dr. Thomas Töpfer tritt die Nachfolge von Elke Urban an, die das Museums seit 2000 geleitet hatte.